שימוש באנטיביוטיקה בכלבים ובחתולים נפוץ משמעותית לעומת שימוש בבני אדם. הסיבה לכך נעוצה בכך שחיות המחמד שלנו לא יודעות לדבר ולעיתים מראות סימני מחלה רק בשלבים מאוחרים יחסית. ככל שהגעה עם מחלה כלשהי לוטרינר מאוחרת יותר כך גדלים הסיבוכים והזיהומים המשניים שמפתחים חיות המלמד. 
בנוסף הכלבים והחתולים שלנו חשופים יותר מבני האדם לפצעי נשיכה, בעיות חניכיים, טראומות ואכילת אוכל לא מותאם – וכל אלו עלולים להסתבך לעוד זיהומים של מערכות גוף שונות.

מקרים נפוצים לשימוש באנטיביוטיקה לכלבים וחתולים

1. כלבים  ו/או חתולים שמפתחים שלשולים לרוב יצטרכו לקבל טיפול אנטביוטי התומך בפלורת המעיים התקינה וזה בנוסף לשינוי תזונתי ופרוביוטיקה. תרופות אנטביוטיקות נפוצות לשימוש במחלות המעיים הן מטרונידזול, מוקסיפן ואזיטרומיצין.
2. מחלות חניכיים שונות יצריכו מעבר לטיפול שיניים גם שימוש באנטביוטיקה כגון מוקסיפן/סטומרג'יל.
3. כמעט כל פצע נשיכה של חתול או הכלב  יצריך טיפול אנטיביוטי גם אם בהתחלה נראה שטחי ולא מזוהם. האנטיביוטיקות הנפוצות לשימוש בפצעי נשיכה הן לרוב אוגמנטין (לעיתים תשמעו את המושג סינולוקס- שזה אוגמנטין וטרינרי) וצפורל (צפלקסין).
אנטיביוטיקה לכלבים

4.במחלות נשימתיות רבות גם אצל חתולים וגם אצל כלבים (למרות שלרוב ממקור  המחלה  לכל חיה שונה) ירשום הוטרינר שימוש בדוקסילין או באזיטרומיצין.

5. עבור חתולים ( נמצא בשימוש  מועט גם בכלבים) פותחה אנטיביוטיקה מיוחדת בשם קונבניה שהיא אנטביוטיקה ארוכת טווח. היא ניתנת  בהזרקה  במתן יחיד והיא פועלת בגוף למשך כמעט שבועיים. היתרון של קונבניה הוא שהוא חוסך לבעלי חתולים לתת אנטיביוטיקה יומיומית לפה של החתול – דבר שחלק מהבעלים מאוד מתקשים בו.

6. במקרים של דלקות שתן  מקובל לתת טיפול אנטיביוטי מאחר ובכלבים שלא כמו באנשים רוב הדלקות הן זיהומיות. האנטיביוטיקה שלרוב תיבחר תכסה מגוון רב של החיידקים. בין הנפוצות ביותר ניתן למצוא מרבוציל, אופלודקס, צפורל ואוגמנטין. אצל החתולים חלק מהדלקות יהיו סטריליות ולא יצריכו טיפול אנטיביוטי.

7. במקרים של זיהומים קשים או זיהומים חוזרים, ללא קשר למיקום, הוטרינר יכול לבחור לבצע בדיקה שנקראית "תרבית ורגישות". 

בבדיקה זו מגדלים את החיידקים מנוזלי או הפרשות הגוף ולאחר מכן מתאימים לחיידק הספציפי שגדל בתרבית את  האנטיביוטיקה הספציפית שפועלת במיוחד עליו. תהליך זה מאפשר טיפול אנטיביוטי יעיל מאוד ומשפר את סיכויי ההחלמה.

חשוב לציין כי כמו באנשים מתן מיותר של אנטיביוטיקה יכול לגרום לתופעות לוואי לא רצויות ולעמידויות של המחלה.  על כן טיפול מקצועי ונכון אמור להינתן אך ורק על ידי וטרינר מוסמך ואחרי בדיקה רפואית וביצוע בדיקות נלוות מתאימות.